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Savoir-faire « clés » en protéomique

  • Préparation d'extraits protéiques à partir de tissus, de cellules, ou de fluides biologiques
  • Electrophorèse 2D
  • Spectrométrie de masse
  • Recherche de protéines d'intérêt par analyses différentielles quantitatives

Au sein de la plateforme PPUP13

La plateforme est régulièrement sollicitée pour la mise en place de projets en protéomique par des équipes de recherche du site et par des équipes hors Université Paris 13 situées à Paris, en région parisienne et à l’étranger. Ces projets portent essentiellement sur - la réalisation d’analyses différentielles quantitatives pour la mise en évidence de protéines impliquées dans des pathologies, ou dans la réponse cellulaire à des molécules chimiques ou biologiques - l'identification de complexes protéiques - l'analyse de sécrétomes - l'analyse des phosphoprotéines.

La plateforme PPUP13 a récemment collaboré sur un projet PICRI (Partenariats entre Institutions et Citoyens pour la Recherche et l'Innovation) dont l'objectif était d'étudier sur un organisme modèle (Aspergillus nidulans) les modifications génétiques, protéomiques, morphologiques et fonctionnelles induites par une modification génétique d'une part, et par l'exposition à une concentration sub-agricole de l'herbicide RoundUp® d'autre part.

Au sein de l'équipe d'Ingénierie Tissulaire et Protéomique (CSPBAT, UMR CNRS 7244)

Classiquement, l’évaluation de la bio-réactivité des biomatériaux vis-à-vis des protéines circulantes est effectuée par détection d’une protéine d’intérêt parmi celles retenues sur le support. Ces approches «ciblées» ne permettent pas, cependant, d’identifier l’ensemble des protéines adsorbées sur le biomatériau. En associant plusieurs approches analytiques en protéomique (chromatographie liquide, électrophorèse bidimensionnelle, spectrométrie de masse), il est possible d'identifier et de comparer quantitativement l'ensemble des protéines adsorbées sur différents supports.  Nos travaux réalisés sur des biomatériaux fonctionalisés avec le polyNaSS (PET, Titane) ou sur un nouveau biomatériau élastomère et biodégradable (PCLU) développé par notre équipe (Dr. G. Rohman, Dr. S. Changotade), nous ont permis de mettre en évidence une sélectivité d’adsorption des surfaces vis-à-vis de certaines protéines. Par analyse protéomique comparative, nous étudions la cinétique d'adsorption des protéines plasmatiques sur la PCLU ainsi que les modifications protéomiques cellulaires induites par contact avec ce biomatériau.

 

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